霉菌毒素问题，霉菌滋生会导致饲料、环境出现污染。饲料污染最常见的是玉米的污染，其次是豆粕、杂粕的污染，然后是食槽内的污染和成品料的污染。霉菌毒素对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等；临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。

球虫对鸡体肠道上号在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。同样病毒和细菌性疾病也是导致肠道病多发的原因。

环境变化导致鸡体功能失衡，肠道是多气多血的一个器官，即负责消化吸收又负责传输营养，其功能受到神经系统体液调节的影响，环境变化超出机体适应力，会导致功能失衡。如温暖季节气血多奔赴体表，使在肠道里的血份就不足，血不足功能就受到影响，易发生肠道病。

最后，机体与外界发生交换和交流的器官一个属肺另一个属肠道。机体对疾病的处理和排异过程中，在反应能力上最终要要趋向于外，最终使毒素和病理产物等通过肺、皮毛和肠道排出体外，所以疾病发生之后超出肠道适应范畴，导致出现肠道问题不是意外，大多情况下属必然。